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有参转录组高通量测序应用

更新时间:2025-09-29      点击次数:2

对于细胞样品,送样量需达到 5 × 106(5乘10的6次方)数量级。富集后置于 2 ml Ep管中,用 1 ml TRIzol 重悬,注意取样后立即用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C 冰箱,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。强烈建议细胞样品先做细胞鉴定及支原体/衣原体污染之后,再送出来。对于血液样本,只接收未冻存过的抗凝血新鲜样本。抗凝剂不可使用肝素钠,可用EDTA或ACD抗凝剂,取血后以冰袋保存,切记不能使血液冻结,从取血之时开始计算,须在48小时之内送达生工上海总部高通量测序部。如果不能提供新鲜样本,则请提供从血液中提取的总RNA样本。备样要求详见B、RNA 样品。使用足量的干冰运输,并且尽量选用较快的邮递方式,以降低运输过程中样品降解的可能性。有参转录组高通量测序应用

单细胞测序技术的应用:单细胞测序技术可以检测复杂组织中单个细胞不同的生物学特性,这可以极大的帮助我们进一步了解细胞与细胞之间的差异。"这几乎就像通过几颗星星看到了整个宇宙。"哈佛大学分子和细胞生物学教授 Alexander Schier的这句话应用在这里也是很合适了。这幅图正是来自于在2018年4月 Science 杂志发表的三篇[8-10]来自哈佛医学院和哈佛大学的研究人员关于单细胞基因测序文章中的一幅结果图,Alexander Schier教授也是其中一篇文章的作者。这几篇文章使用多种检测技术组合,其中包括对数千个发育中的斑马鱼和青蛙胚胎单细胞测序,在胚胎发育建议初的24小时内追踪单个细胞的发育情况,可以揭示出胚胎细胞何时何地转变为新的细胞状态和类型并向我们展示了组织和整个机体从单细胞发育的完整历程。单细胞测序高通量测序测序准确、迅速,可以说是KBSeq的代名词了。

对于微生物样品,请客户如实声明所属物种;对于可能致病的微生物,生工将拒收。以固体培养基培养的样品,需将样品从培养基上刮取下来,用干冰寄送;以液体培养基培养的样品,需离心后弃培养液收集样品,用RNA组织保存液(例如RNA-Be-Locker A)保存,以干冰或冰袋寄送;没有RNA组织保存液的情况下,也可用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C 冰箱,埋于足量干冰寄送。***样品送样量需至少达到100 mg/样;细菌样品送样量需至少达到107(10的7次方)数量级,同时,在与样本一同寄送的送样表上,标明属于革兰氏阳性菌(G+)还是革兰氏阴性菌(G-)。

生工高通量测序样品要求,组织/细胞样品:请使用新鲜取样的实验材料,当场分成小块后立即用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C冰箱,用足量的干冰(根据经验,在秋冬季节,如果打包合适,3公斤块状干冰可以维持30-40小时)寄送;于微生物样品,请客户如实声明所属物种,对于可能致病的微生物,生工保留拒收的权利;对于需要进行RNA抽提的样品,可以但不建议将组织在液氮中研磨后用TRIzol悬浮后用普通冰袋寄送,具体情况请先取得沟通。近年来,随着高通量测序技术的发展和普及,单细胞测序技术发展十分迅速。

为什么要用单细胞测序技术?细胞是生物体结构和功能的基本单位,在生物体生长发育的过程中,因细胞类型、外界环境以及内部调节因素的不同,其转录组信息也不尽相同。由于基因组和表观遗传的重编程,以及在细胞分裂和分化过程中出现的误差造成来自同一细胞系或个体的细胞呈现出不同的基因组、转录组和表观基因组[4]。这就是我们上面提到的细胞异质性。细胞异质性是生物组织和生物系统的普遍特征[5]。但是我们常规的二代测序检测的是一个细胞群体的基因组、转录组的信息,如培养的大量细胞、动植物组织甚至是整个生物体。在过去的20多年中,人们对转录组的人数仍然局限在群体水平[6]。这种方法可以为我们提供大量的基因组或转录组数据,却无法揭示细胞的异质性。传统方法得到的是细胞群的平均基因组,而单细胞测序测量的是细胞群中单个细胞的基因组[7]。现在也有学者为了区分传统测序和单细胞测序的区别,将传统方法称为批量测序。DNA样品建议用蓝冰运输。有参转录组高通量测序应用

RNA样品建议用足量干冰运输。有参转录组高通量测序应用

对于用RNA组织保存液寄送的样品,请按照RNA组织保存液说明保存和寄送。请注意:1)样品浸入组织保存液之前,对于动物组织样品,须以建议快速度将样品剪切成厚度小于0.5cm的碎块;对于植物样品,须以建议快速度将样品剪切成厚度小于0.3cm的碎块。2)鼠肝、肾和脾等小organ样品和没有蜡质保护层的植物样品可不剪切直接放入保存液中保存,有蜡质保护层的植物样品需要先将蜡表皮破坏。3)确保将样品完全浸泡在保存液中,不让其粘贴在管壁和盖上。有参转录组高通量测序应用

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